Przeniesienie stolicy Rzeczpospolitej z Krakowa do Warszawy było symbolicznym aktem wskazującym na zmianę priorytetów w polityce zagranicznej państwa. Dotychczasowa lokalizacja stolicy nie najlepiej przystawała do wyzwań, jakie niosły ze sobą choćby konflikty ze Szwedami i próby zabezpieczenia interesów państwa na północnych i wschodnich rubieżach.
18 III 1596 roku król Zygmunt III Waza podjął decyzję o przeniesieniu stolicy z Krakowa do Warszawy. Wyjazd Zygmunta III z Krakowa do Warszawy 24 V 1609 roku to dobra okazja by przypomnieć początek panowania szwedzkiej dynastii w Polsce.
Wazowie w Polsce
W 1568 roku królem Szwecji został Jan III Waza, którego żoną była Katarzyna Jagiellonka. W 1587 roku ich syn, Zygmunt Waza, został wybrany na króla Polski dzięki wsparciu, jakiemu udzielił mu hetman wielki koronny Jan Zamoyski. Hetman interweniował i nie dopuścił do przejęcia tronu Maksymiliana Habsburga, który cieszył się poparciem części zamożnej arystokracji.
Dla Zygmunta był to początek „kariery” na Europejskich dworach, ponieważ w 1592 roku został królem Szwecji. To oznaczało, że Rzeczpospolita i Szwecja przez krótki okres stały się związane unią personalną. Była to jednak unia krótkotrwała. Zygmunt miał co trzy lata przyjeżdżać do Szwecji, jego najstarszy syn miał objąć tamtejszy tron, a młodszy mógł kandydować do tronu polskiego.
Bunt
Pod nieobecność Zygmunta w Szwecji władzę miała sprawować rada regencyjna na czele z jego stryjem Karolem Sudermańskim. Pod koniec lat dziewięćdziesiątych doszło do buntu w Szwecji. Zobowiązał się do zwołania Rikstagu, czyli szwedzkiego parlamentu. Obiecał, że nie opuści Szwecji wrócił jednak do Rzeczpospolitej.
W efekcie w 1599 roku Szwedzi detronizowali Zygmunta na rzecz jego syna Władysława pod warunkiem, że książę zostanie wychowany po protestancku w ojczyźnie ojca. Ponieważ i ten warunek nie został spełniony w 1600 roku cała polska linia Wazów została zdetronizowana.
Początek konfliktu
12 III 1600 roku zgodnie z postanowieniami, jakie zostały zawarte w pacta conventa Zygmunt III dokonał inkorporacji Estonii do Polski, co oznaczało początek walk ze Szwecją o Inflanty. Pierwsza wojna polsko-szwedzka zaczęła się w 1600 roku i trwała, do 1611, kiedy to zawarto rozejm spowodowany śmiercią Karola IX i problemami Polaków w walkach z Rosjanami.
W trakcie trwania tego konfliktu Zygmunt przeniósł się z Krakowa do Warszawy. Zarządzanie konfliktem z tego miasta było wygodniejsze. Walka o Inflanty była walką o opanowanie wybrzeży Bałtyku – dominium maris Baltici, czyli dogodny dostęp do handlu morskiego. Król wyprowadził się do Warszawy z dworem i rodziną. Kraków miał jeszcze funkcje rezydencjonalne, ale tracił powoli znaczenie dyplomatyczne i polityczne.
